{"id":5001,"date":"2014-06-13T16:13:51","date_gmt":"2014-06-13T14:13:51","guid":{"rendered":"http:\/\/www.h-its.org\/?p=5001"},"modified":"2019-03-22T11:58:06","modified_gmt":"2019-03-22T10:58:06","slug":"trapp-auf-der-titelseite","status":"publish","type":"post","link":"https:\/\/www.h-its.org\/de\/2014\/06\/13\/trapp-auf-der-titelseite\/","title":{"rendered":"TRAPP auf der Titelseite"},"content":{"rendered":"\n<p>Ein Artikel der HITS-Forscherin <strong>Dr. Daria Kokh<\/strong> (MCM) schaffte es auf die Titelseite des <em>Journal of Chemical Information and Modeling<\/em>. TRAPP (A Tool for Analysis of Transient Binding Pockets in Proteins) ist eine neue automatische Software-Plattform zum Auffinden, zur Analyse und Visualisierung von Bindungstaschen. Dabei wird die Ver\u00e4nderung einer Bindungstasche im Verlauf einer Proteinsimulation oder innerhalb eines Ensembles von Proteinstrukturen untersucht. Zu diesen Struktur\u00e4nderungen, den Konformationen, z\u00e4hlen \u00c4nderungen in der Anordnung der Seitenketten und umfassende Bewegungen der Proteinkette. ,..TRAPP f\u00fchrt mit Hilfe einer r\u00e4umlichen Gitterstruktur genaue Berechnungen der Form und physikochemischen Merkmale einer Bindungstasche f\u00fcr alle Proteinkonformationen einer Simulation durch. Die Plattform erkennt die konservierten und transienten, also variablen Bereiche einer Tasche in einem Ensemble von Proteinkonformationen. TRAPP stellt auch Werkzeuge bereit, um die \u00d6ffnung einer bestimmten Untertasche festzustellen sowie Aminos\u00e4urereste zu identifizieren, die zu einer Bindungsstelle beitragen. Dadurch erm\u00f6glicht es TRAPP, die Flexibilit\u00e4t einer Bindungstasche in die Bewertung einzubeziehen, ob ein krankheitsbezogenes Zielprotein als Bindestelle f\u00fcr Arzneistoffe geeignet ist<\/p>\n\n\n\n<p>Das Projekt wurde in Zusammenarbeit mit Merck-Serono, Darmstadt, durchgef\u00fchrt. D. B. Kokh, S. Richter, S. Henrich, P. Czodrowski, F. Rippmann, und R. C. Wade, <em>J. Chem. Inf. Model.<\/em>, 2013, 53 (5), S. 1235\u20131252.<\/p>\n","protected":false},"excerpt":{"rendered":"<p>Ein Artikel der HITS-Forscherin Dr. Daria Kokh (MCM) schaffte es auf die Titelseite des Journal of Chemical Information and Modeling. 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