„Hands on“: Auszeichnung für Bioinformatik-Praktikum

04 07 2016

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Die Lehrveranstaltung „Hands-on Bioinformatics Practical“ von Prof. Alexandros Stamatakis und Dr. Tomas Flouri wird als bestes Praktikum des Fachbereichs Informatik am Karlsruher Institut für Technologie (KIT) ausgezeichnet. Die beiden Forscher, die am Heidelberger Institut für Theoretische Studien (HITS) und am KIT arbeiten, erhalten ihre Urkunden am 8. Juli im Rahmen der Feierlichkeiten zum Tag der Informatik 2016. http://www.informatik.kit.edu/7054_8776.php

In dem Praktikum sollten die Studierenden ein Open-Source-Werkzeug oder eine Pipeline für die Analyse biologischer Sequenzdaten entwickeln. Ziel war es, ein für die Biologie nützliches und von Biologen nutzbares neues Werkzeug zur Verfügung zu stellen. Es sollte dann nach Möglichkeit in einer wissenschaftlichen Fachzeitschrift mit peer-review publiziert werden. Die Nachwuchsinformatiker arbeiteten in Dreierteams,  benutzten Versionsmanagement-Tools wie „github“, lernten das Laufzeitverhalten von Programmen anhand entsprechender Tools zu analysieren und zu optimieren und C-Programme auf Speicherlecks (zum Beispiel mit der Werkzeugsammlung Valgrind) zu testen. Sechs Studierende nahmen an dem Praktikum teil. Die Ergebnisse wurden als Preprint veröffentlicht. http://biorxiv.org/content/early/2015/11/29/033191

Auch mit den Praktikumsteilnehmern des Vorjahres wurden die Ergebnisse des Praktikums publiziert: http://bmcbioinformatics.biomedcentral.com/articles/10.1186/s12859-016-0985-x

Alexandros Stamatakis ist Leiter der Forschungsgruppe Scientific Computing am HITS und Professor für High Performance Computing in den Lebenswissenschaften am KIT, sowie adjunct Professor an der University of Arizona at Tucson. Tomas Flouri ist ein ans HITS abgeordneter Mitarbeiter am Lehrstuhl Stamatakis. Bereits im letzten Jahr wurde die beiden Forscher gemeinsam mit anderen Mitgliedern der Scientific Computing Gruppe des HITS für die beste Vorlesung im Wahlbereich des Masterstudienganges Informatik des KIT ausgezeichnet. http://www.h-its.org/sco-aktuelles/sco-forscher-beste-vorlesung-am-kit/

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