Gruppenleiter „Scientific Computing“ am HITS
Professor für High Performance Computing am Karlsruher Institut für Technologie (KIT)

Forschungsinteresse
Algorithmen, Parallelcomputing, Parallel Architectures und Evolutionary Bioinformatik.

Über mich
Ich bin in Athen aufgewachsen und 1995 nach Deutschland gezogen, um Informatik zu studieren. Während meines Studiums in München verbrachte ich auch mehrere Auslandsaufenthalte in Lyon, Paris, Madrid und Athen. Vor meinem PhD und meiner Arbeit in der Bioinformatik, habe ich vor allem im Bereich der Entwicklung von Software für Fluglotsen gearbeitet.

Curriculum Vitae
Seit 2012     Adjunct professor am Department of Ecology and Evolutionary Biology an der University of Arizona at Tucson, USA
Seit 2012     Professor für High Performance Computing am Karlsruher Institut für Technologie (KIT)
Seit 2010     Leiter der “Scientific Computing” Gruppe am HITS
2008-2010    Leiter einer DFG Emmy-Noether Junior Forschungsgruppe an der Ludwig-Maximilians-Universität München und der Technischen Universität München
2006-2008    PostDoc an der Eidgenössischen Technische Hochschule Lausanne, Schweiz
2005-2006    PostDoc am Institute for Computer Science, Foundation of Research and Technology Hellas, Heraklion, Griechenland
2001-2004    PhD an der der Technischen Universität München
1995-2001    Studium der Informatik an der Technischen Universität München und der Universität Lyon, Frankreich

Mitgliedschaften
•    Mitglied des Lenkungsausschusses für den Höchstleistungsrechner in Bayern (HLRB) am Leibniz-Rechenzentrum
•    Mitglied des wissenschaftlichen Beirats von Elixir Griechenland
•    Mitglied des wissenschaftlichen Beirats des Computational Biology Institute in Montpellier, Frankreich

Lehrpreise
2016:     Für den Kurs “Hands-on Bioinformatics Practical” am Karlsruher Institut für Technologie (KIT) im Sommersemester 2015
2015:     Für den Kurs “Introduction to Bioinformatics for Computer Scientists” am Karlsruher Institut für Technologie (KIT) im Wintersemester 2014/15

Neuestes Veröffentlichungen
Kassian Kobert, Alexandros Stamatakis, Tomas Flouri: “Efficient detection of repeating sites to accelerate phylogenetic likelihood calculations”. In bioRxiv, 035873, 2016. Also published in Systematic Biology, 2016.

Paschalia Kapli, Sarah Lutteropp, Jiajie Zhang, Kassian Kobert, Pavlos Pavlidis, Alexandros Stamatakis, Tomas Flouri: “Multi-rate Poisson Tree Processes for single-locus species delimitation under Maximum Likelihood and Markov Chain Monte Carlo”, BioRxiv, 063875, 2016. Also published in Bioinformatics, 2017.

Lucas Czech, Jaime Huerta-Cepas, Alexandros Stamatakis: “A Critical Review on the Use of Support Values in Tree Viewers and Bioinformatics Toolkits”. BioRxiv, 035360, 2016. Also published in Molecular Biology and Evolution, 2017.

Alexey M Kozlov, Jiajie Zhang, Pelin Yilmaz, Frank Oliver Glöckner, Alexandros Stamatakis: “Phylogeny-aware Identification and Correction of Taxonomically Mislabeled Sequences”. BioRxiv, 042200, 2016. Also published in Nucleic Acids Research, 2016.

Frederic Mahe, Colomban de Vargas, David Bass, Lucas Czech, Alexandros Stamatakis, Enrique Lara, Jordan Mayor, John Bunge, Sarah Sernaker, Tobias Siemensmeyer, Isabelle Trautmann, Sarah Romac, Cedric Berney, Alexey Kozlov, Edward Mitchell, Christophe Seppey, David Singer, Elianne Egge, Rainer Wirth, Gabriel Trueba, Micah Dunthorn: “Soil Protists in Three Neotropical Rainforests are Hyperdiverse and Dominated by Parasites”. BioRxiv, 050997, 2016. To appear in Nature Ecology & Evolution, 2017.