„Hands on“: Auszeichnung für Bioinformatik-Praktikum

4. July 2016

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Die Lehrveranstaltung „Hands-on Bioinformatics Practical“ von Prof. Alexandros Stamatakis und Dr. Tomas Flouri wird als bestes Praktikum des Fachbereichs Informatik am Karlsruher Institut für Technologie (KIT) ausgezeichnet. Die beiden Forscher, die am Heidelberger Institut für Theoretische Studien (HITS) und am KIT arbeiten, erhalten ihre Urkunden am 8. Juli im Rahmen der Feierlichkeiten zum Tag der Informatik 2016. http://www.informatik.kit.edu/7054_8776.php

In dem Praktikum sollten die Studierenden ein Open-Source-Werkzeug oder eine Pipeline für die Analyse biologischer Sequenzdaten entwickeln. Ziel war es, ein für die Biologie nützliches und von Biologen nutzbares neues Werkzeug zur Verfügung zu stellen. Es sollte dann nach Möglichkeit in einer wissenschaftlichen Fachzeitschrift mit peer-review publiziert werden. Die Nachwuchsinformatiker arbeiteten in Dreierteams,  benutzten Versionsmanagement-Tools wie „github“, lernten das Laufzeitverhalten von Programmen anhand entsprechender Tools zu analysieren und zu optimieren und C-Programme auf Speicherlecks (zum Beispiel mit der Werkzeugsammlung Valgrind) zu testen. Sechs Studierende nahmen an dem Praktikum teil. Die Ergebnisse wurden als Preprint veröffentlicht. http://biorxiv.org/content/early/2015/11/29/033191

Auch mit den Praktikumsteilnehmern des Vorjahres wurden die Ergebnisse des Praktikums publiziert: http://bmcbioinformatics.biomedcentral.com/articles/10.1186/s12859-016-0985-x

Alexandros Stamatakis ist Leiter der Forschungsgruppe Scientific Computing am HITS und Professor für High Performance Computing in den Lebenswissenschaften am KIT, sowie adjunct Professor an der University of Arizona at Tucson. Tomas Flouri ist ein ans HITS abgeordneter Mitarbeiter am Lehrstuhl Stamatakis. Bereits im letzten Jahr wurde die beiden Forscher gemeinsam mit anderen Mitgliedern der Scientific Computing Gruppe des HITS für die beste Vorlesung im Wahlbereich des Masterstudienganges Informatik des KIT ausgezeichnet. http://www.h-its.org/sco-aktuelles/sco-forscher-beste-vorlesung-am-kit/

About HITS

HITS, the Heidelberg Institute for Theoretical Studies, was established in 2010 by physicist and SAP co-founder Klaus Tschira (1940-2015) and the Klaus Tschira Foundation as a private, non-profit research institute. HITS conducts basic research in the natural, mathematical, and computer sciences. Major research directions include complex simulations across scales, making sense of data, and enabling science via computational research. Application areas range from molecular biology to astrophysics. An essential characteristic of the Institute is interdisciplinarity, implemented in numerous cross-group and cross-disciplinary projects. The base funding of HITS is provided by the Klaus Tschira Foundation.

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