FAIRDOM-SEEK – webbasierte Plattform für Forschungsdaten

25.11.2021

FAIRDOM-SEEK ist eine Open-Source, webbasierte Datenmanagementplattform für heterogene Forschungsdaten, Modelle, Simulationen und Workflows.

FAIRDOM-SEEK wird innerhalb des FAIRDOM Konsortiums entwickelt, in dem Partner aus Großbritannien, Belgien, Norwegen, den Niederlanden, Südafrika und Deutschland zusammenarbeiten. Die Arbeitsgruppe Scientific Databases and Visualization (SDBV) am HITS ist Gründungsmitglied von FAIRDOM und leistet einen Hauptanteil der Entwicklungsarbeit an FAIRDOM-SEEK.

Die FAIRDOM-SEEK Software kann heruntergeladen, installiert und lokal für die Speicherung und das Teilen von Forschungsdaten innerhalb von Arbeitsgruppen und Projekten genutzt werden. Beispiele für lokale FAIRDOM-SEEK Installationen sind u.a.: LiSyM (Liver Systems Medicine), IBISBA, Leipzig Health Atlas, und NFDI4Health Study Hub Covid-19.

Eine frei zugängliche Version von FAIRDOM-SEEK ist FAIRDOMHub, die am HITS gehostet wird.

HITS verwendet FAIRDOM-SEEK für die Verwaltung der Veröffentlichungen der einzelnen Arbeitsgruppen am HITS. Die Publikationen werden automatisch von der Plattform extrahiert und auf den HITS Webseiten eingespeist.

Weitere Quellen:

Wolstencroft, K, Owen, S, Krebs, O, Nguyen, Q, Stanford, NJ, Golebiewski, M, Weidemann, A, Bittkowski, M, An, L, Shockley, D, Snoep, JL, Mueller, W, Goble, C (2015) SEEK: a systems biology data and model management platform. BMC Systems Biology, 9:33, 33 DOI: 10.1186/s12918-015-0174-y

Wolstencroft K, Krebs O, Snoep J.L, Stanford N.J, Bacall F, Golebiewski M, Kuzyakiv R, Nguyen Q, Owen S, Soiland-Reyes S, Straszewski J, Van Niekerk D.D, Williams A.R, Malmström L, Rinn B, Müller W, and Goble C (2016) FAIRDOMHub: a repository and collaboration environment for sharing systems biology research. Nucleic Acids Research, 45:D1, D404-7 DOI: 10.1093/nar/gkw1032

Über das HITS

Das Heidelberger Institut für Theoretische Studien (HITS) wurde 2010 von dem Physiker und SAP-Mitgründer Klaus Tschira (1940-2015) und der Klaus Tschira Stiftung als private, gemeinnützige Forschungseinrichtung ins Leben gerufen. Das HITS betreibt Grundlagenforschung in den Naturwissenschaften, der Mathematik und der Informatik. Dabei werden große, komplexe Datenmengen verarbeitet, strukturiert und analysiert und computergestützte Methoden und Software entwickelt. Die Forschungsfelder reichen von der Molekularbiologie bis zur Astrophysik. Die HITS Stiftung, eine Tochter der Klaus Tschira Stiftung, stellt die Grundfinanzierung der HITS gGmbH auf Dauer sicher. Die Mittel dafür erhält sie von der Klaus Tschira Stiftung. Gesellschafter des HITS sind neben der HITS Stiftung die Universität Heidelberg und das Karlsruher Institut für Technologie (KIT). Das HITS arbeitet außerdem mit weiteren Universitäten und Forschungsinstituten sowie mit industriellen Partnern zusammen. Die wichtigsten externen Mittelgeber sind das Bundesministerium für Bildung und Forschung (BMBF), die Deutsche Forschungsgemeinschaft (DFG) und die Europäische Union.

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