TRAPP auf der Titelseite

13.06.2014

Ein Artikel der HITS-Forscherin Dr. Daria Kokh (MCM) schaffte es auf die Titelseite des Journal of Chemical Information and Modeling. TRAPP (A Tool for Analysis of Transient Binding Pockets in Proteins) ist eine neue automatische Software-Plattform zum Auffinden, zur Analyse und Visualisierung von Bindungstaschen. Dabei wird die Veränderung einer Bindungstasche im Verlauf einer Proteinsimulation oder innerhalb eines Ensembles von Proteinstrukturen untersucht. Zu diesen Strukturänderungen, den Konformationen, zählen Änderungen in der Anordnung der Seitenketten und umfassende Bewegungen der Proteinkette. ,..TRAPP führt mit Hilfe einer räumlichen Gitterstruktur genaue Berechnungen der Form und physikochemischen Merkmale einer Bindungstasche für alle Proteinkonformationen einer Simulation durch. Die Plattform erkennt die konservierten und transienten, also variablen Bereiche einer Tasche in einem Ensemble von Proteinkonformationen. TRAPP stellt auch Werkzeuge bereit, um die Öffnung einer bestimmten Untertasche festzustellen sowie Aminosäurereste zu identifizieren, die zu einer Bindungsstelle beitragen. Dadurch ermöglicht es TRAPP, die Flexibilität einer Bindungstasche in die Bewertung einzubeziehen, ob ein krankheitsbezogenes Zielprotein als Bindestelle für Arzneistoffe geeignet ist

Das Projekt wurde in Zusammenarbeit mit Merck-Serono, Darmstadt, durchgeführt. D. B. Kokh, S. Richter, S. Henrich, P. Czodrowski, F. Rippmann, und R. C. Wade, J. Chem. Inf. Model., 2013, 53 (5), S. 1235–1252.

Über das HITS

Das Heidelberger Institut für Theoretische Studien (HITS) wurde 2010 von dem Physiker und SAP-Mitgründer Klaus Tschira (1940-2015) und der Klaus Tschira Stiftung als private, gemeinnützige Forschungseinrichtung ins Leben gerufen. Das HITS betreibt Grundlagenforschung in den Naturwissenschaften, der Mathematik und der Informatik. Dabei werden große, komplexe Datenmengen verarbeitet, strukturiert und analysiert und computergestützte Methoden und Software entwickelt. Die Forschungsfelder reichen von der Molekularbiologie bis zur Astrophysik. Die HITS Stiftung, eine Tochter der Klaus Tschira Stiftung, stellt die Grundfinanzierung der HITS gGmbH auf Dauer sicher. Die Mittel dafür erhält sie von der Klaus Tschira Stiftung. Gesellschafter des HITS sind neben der HITS Stiftung die Universität Heidelberg und das Karlsruher Institut für Technologie (KIT). Das HITS arbeitet außerdem mit weiteren Universitäten und Forschungsinstituten sowie mit industriellen Partnern zusammen. Die wichtigsten externen Mittelgeber sind das Bundesministerium für Bildung und Forschung (BMBF), die Deutsche Forschungsgemeinschaft (DFG) und die Europäische Union.

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