Daten visualisieren mit SABIO-VIS
Daten sammeln und kuratieren ist in der Wissenschaft so wichtig wie nie – besonders in der Systembiologie. Sind Daten für andere Wissenschaftler und Wissenschaftlerinnen nicht frei zugänglich, kann es zum Beispiel passieren, dass Experimente mehrfach durchgeführt werden und so wertvolle Zeit, Ressourcen und Erkenntnisse verloren gehen. Um dies zu vermeiden, hat die Scientific Databases and Visualization (SDBV) Gruppe am HITS vor mehreren Jahren die Datenbank SABIO-RK entwickelt, die Daten über biochemische Reaktionen sammelt und für die Forscher und Forscherinnen nutzbar macht. Dazu werden Daten aus der wissenschaftlichen Literatur der letzten 50 Jahre gesammelt.
In dem jetzt gestarteten Projekt SABIO-VIS sollen diese Daten mittels Visualisierungen für die Community noch besser sichtbar gemacht werden. Interaktive Formate werden künftig dafür sorgen, dass die Nutzer und Nutzerinnen selbst darüber entscheiden können, welche Daten sie sehen und wie sie sie sehen. Die Visualisierungen sollen in erster Linie zur besseren Veranschaulichung und übersichtlicheren Zusammenfassung der vorhandenen Daten dienen. Darüber hinaus werden die Ergebnisse auch für eine Qualitätskontrolle innerhalb der Datenbank und eine bessere Verwertbarkeit der Daten sorgen.
Das Projekt wird vom Bundesministerium für Bildung und Forschung (BMBF) gefördert (FKZ 031L0178) und läuft über insgesamt drei Jahre. Die beiden HITS Wissenschaftlerinnen Ulrike Wittig (Biokuratorin) und Dorotea Dudas (Entwicklerin) entwickeln die neuen Anwendungen eng in Abstimmung mit den Usern, damit diese genau das bekommen, was sie für ihre Arbeit letztendlich benötigen. Zielgruppe für sowohl SABIO-RK als auch SABIO-VIS sind die bereits sehr aktive Community sowie alle Modellierer und Experimentalisten aus den Biowissenschaften.
Über das HITS
Das Heidelberger Institut für Theoretische Studien (HITS) wurde 2010 von dem Physiker und SAP-Mitgründer Klaus Tschira (1940-2015) und der Klaus Tschira Stiftung als private, gemeinnützige Forschungseinrichtung ins Leben gerufen. Das HITS betreibt Grundlagenforschung in den Naturwissenschaften, der Mathematik und der Informatik. Dabei werden große, komplexe Datenmengen verarbeitet, strukturiert und analysiert und computergestützte Methoden und Software entwickelt. Die Forschungsfelder reichen von der Molekularbiologie bis zur Astrophysik. Die HITS Stiftung, eine Tochter der Klaus Tschira Stiftung, stellt die Grundfinanzierung der HITS gGmbH auf Dauer sicher. Die Mittel dafür erhält sie von der Klaus Tschira Stiftung. Gesellschafter des HITS sind neben der HITS Stiftung die Universität Heidelberg und das Karlsruher Institut für Technologie (KIT). Das HITS arbeitet außerdem mit weiteren Universitäten und Forschungsinstituten sowie mit industriellen Partnern zusammen. Die wichtigsten externen Mittelgeber sind das Bundesministerium für Bildung und Forschung (BMBF), die Deutsche Forschungsgemeinschaft (DFG) und die Europäische Union.
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