Forscher/-innen der Molecular and Cellular Modeling (MCM) Gruppe entwickeln am HITS die Software „Simulation of Diffusional Association“ (SDA) 7 .
SDA7 kann zur Durchführung von Brownian-Dynamics-Simulationen der diffusionalen Assoziation zweier gelöster Moleküle, z. B. Proteine, oder eines gelösten Moleküls vor einer anorganischen Oberfläche in einem kontinuierlichen wässrigen Lösungsmittel verwendet werden. SDA7 kann auch verwendet werden, um die Diffusion mehrerer Proteine in verdünnten oder konzentrierten Lösungen zu simulieren, z. B. um die Auswirkungen von makromolekularem Gedränge zu untersuchen. Zu den kürzlich hinzugefügten Funktionen gehören Methoden zur Modellierung hydrodynamischer und elektrostatischer Wechselwirkungen in Brownian Dynamics-Simulationen der Diffusion von Proteinmolekülen vor einer Oberfläche.
Das SDA7-Softwarepaket ist unter https://mcm.h-its.org/sda7 verfügbar, und ein Teil der Funktionalität ist im webSDA-Webserver implementiert.
Weitere Quellen:
Reinhardt M, Bruce NJ, Kokh DB, Wade RC (2021). Brownian Dynamics Simulations of Proteins in the Presence of Surfaces: Long-Range Electrostatics and Mean-Field Hydrodynamics, J. Chem. Theory Comput. 17(6):3510-3524
Martinez M, Bruce NJ, Romanowska J, Kokh DB, Ozboyaci M, Yu X, Öztürk MA, Richter S, Wade RC (2015). SDA 7: A modular and parallel implementation of the simulation of diffusional association software, J. Comput. Chem. 36(21):1631-1645
Yu X, Martinez M, Gable AL, Fuller JC, Bruce NJ, Richter S, Wade RC (2015). webSDA: a web server to simulate macromolecular diffusional association, Nucleic Acids Res 43(W1):W220-W224
Das Heidelberger Institut für Theoretische Studien (HITS) wurde 2010 von dem Physiker und SAP-Mitgründer Klaus Tschira (1940-2015) und der Klaus Tschira Stiftung als private, gemeinnützige Forschungseinrichtung ins Leben gerufen. Das HITS betreibt Grundlagenforschung in den Naturwissenschaften, der Mathematik und der Informatik. Dabei werden große, komplexe Datenmengen verarbeitet, strukturiert und analysiert und computergestützte Methoden und Software entwickelt. Die Forschungsfelder reichen von der Molekularbiologie bis zur Astrophysik. Die HITS Stiftung, eine Tochter der Klaus Tschira Stiftung, stellt die Grundfinanzierung der HITS gGmbH auf Dauer sicher. Die Mittel dafür erhält sie von der Klaus Tschira Stiftung. Gesellschafter des HITS sind neben der HITS Stiftung die Universität Heidelberg und das Karlsruher Institut für Technologie (KIT). Das HITS arbeitet außerdem mit weiteren Universitäten und Forschungsinstituten sowie mit industriellen Partnern zusammen. Die wichtigsten externen Mittelgeber sind das Bundesministerium für Bildung und Forschung (BMBF), die Deutsche Forschungsgemeinschaft (DFG) und die Europäische Union.
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