Phylogenetic Tools: Software Quality Tests Yield Best Practices
Life science research increasingly runs on software. A good fraction, perhaps even most of it, is made by academics, for academics: Rough around the edges, perhaps, but effective — not to mention free. But, is it of high quality?
HITS group leader and professor for computer sicence Alexandros Stamatakis has been developing and refining software tools for evolutionary biology for more than 15 years, including RAxML. He and his team tested and compared 16 different popular phylogenetic tools (plus, as a control, one from the field of astronomy), which collectively have been cited more than 90,000 times to find out if they meet the needed quality standards. The result: none of the 16 programs in the round-up, including Stamatakis’ own RAxML, aced all the tests. However, the study does not suggest that the programmers who wrote those tools did a bad job nor does the study suggest that the codes do not work properly. The HITS researchers merely recommend other researchers to exercise caution in using these tools and ask editors to keep potential errors in mind when reporting about research data.
The study therefore can be seen as quality assurance within the field of phylogenetics and delivers important impulses for fellow researchers.
The results of the survey have been published in Molecular Biology and Evolution.
An Interview about the research process and results was published on NatureJobs.
Über das HITS
Das Heidelberger Institut für Theoretische Studien (HITS) wurde 2010 von dem Physiker und SAP-Mitgründer Klaus Tschira (1940-2015) und der Klaus Tschira Stiftung als private, gemeinnützige Forschungseinrichtung ins Leben gerufen. Das HITS betreibt Grundlagenforschung in den Naturwissenschaften, der Mathematik und der Informatik. Dabei werden große, komplexe Datenmengen verarbeitet, strukturiert und analysiert und computergestützte Methoden und Software entwickelt. Die Forschungsfelder reichen von der Molekularbiologie bis zur Astrophysik. Die HITS Stiftung, eine Tochter der Klaus Tschira Stiftung, stellt die Grundfinanzierung der HITS gGmbH auf Dauer sicher. Die Mittel dafür erhält sie von der Klaus Tschira Stiftung. Gesellschafter des HITS sind neben der HITS Stiftung die Universität Heidelberg und das Karlsruher Institut für Technologie (KIT). Das HITS arbeitet außerdem mit weiteren Universitäten und Forschungsinstituten sowie mit industriellen Partnern zusammen. Die wichtigsten externen Mittelgeber sind das Bundesministerium für Bildung und Forschung (BMBF), die Deutsche Forschungsgemeinschaft (DFG) und die Europäische Union.
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